De oorsprong van de cajon ligt in Peru. Wanneer dit instrument voor het eerst gebruikt werd is niet helemaal duidelijk. Wat we wel weten is dat de Cajon (uitgesproken als kachon) ontstaan is uit de slavernij en de armoede. Kisten met goederen werden tijdens de lange overtocht door de Afrikaanse slaven bespeeld en werden daarna gebruikt om danseressen aan land en veelal in de havens te begeleiden. Muziek is altijd een krachtig communicatiemiddel geweest voor mensen om zich te verenigen en boodschappen door te geven aan elkaar.
Uit angst voor opstanden stelden de Spanjaarden tijdens de slavernij een verbod op alle muziekinstrumenten in Zuid-Amerika en het Caribisch gebied in. Bij gebrek aan muziekinstrumenten gingen Afrikaanse slaven stiekem op houten kisten spelen. Dat hield het moraal hoog en er kon toch nog gecommuniceerd worden met elkaar. De houten boxen hadden een aantal voordelen – ze waren goedkoop, je kon er op zitten, er waren er veel van en nog veel belangrijker: ze zijn niet als muziekinstrument herkenbaar. Toen zaten er nog geen snaren in, deze werden pas later toegevoegd.
Een Peruviaanse Cajon klinkt doorgaans vrij droog, terwijl een moderne Cajon een rijker snaregeluid heeft. Aan de achterzijde van de Cajon bevindt zich een gat voor de akoestiek, waarin je tevens ook een microfoon kan plaatsen. Meestal bespeel je het met 2 handen, maar je kan ook één hand combineren met een brushstick of shaker in de andere hand. In de jaren ‘70 werd de cajon voor het eerst in Spanje geïntroduceerd door percussionist Manuel Soler van Paco de Lucia’s flamencogroep en werd zo verder bekend in de rest van de wereld.